现代大学的理念和教育目标，还有一个非常重要的领域：人文主义与科学主义、理性主义与功利主义的冲突。与西方科学教育逐渐从传统的人文主义源流中分离出来，并与之相抗衡这样的背景很不一样。在中国，废止科举、发展新学的一个基本动因，就是针对旧学“无裨实用”的积弊。因而，洋务时期发展起来的早期高等教育，均以武备、船政等“实学”为主，并伴随“教育救国”、“实业救国”这样急切的动机。这种强烈的功利主义价值直接体现在大学的培养目标上。

1912年，蔡元培起草的《大学令》，确立了“学”与“术”的分离，以“教授高深学问，养成硕学宏材应国家需要”为大学教育宗旨。但在大学内部，究竟实施什么样的教育，一直存在争论。1925年，清华大学张彭春教务长把大学分为普通科和专门科，遭致许多老师、学生的反对。后实行通才教育，文理法三院不分院系，仍有学生反对。有学生给学校写信，要求早一些接受专门训练。教授们的意见也不一致。蒋廷黻称，自然科学家和工程学家希望学生在第一年就接受专门课程，教文学和社会学科的同事则希望晚一些开始专门课程。朱自清就反对过早进行专门教育，他认为“大学教育应注重通才，不应该一味注重专家……学生倘若只需要专业训练就满足，他们应该到专科学校去”。冯友兰后来回忆说，清华大学教授会经常讨论而并没有完全解决大学教育的目的问题，即大学教育究竟应该是培养“人”，还是制造“机器”。折中之后，实际的教育模式为大学一、二年级，以通才教育为主，三、四年级，以专门教育为主。

大学的通专之争后来扩大到了社会上，是因为30年代之后政府的教育政策发生了明显转变。1931年公布的“确定教育实施趋向办法”，规定“大学教育以注重自然科学及实用科学为原则”，招生政策偏重实科，缩减文法科的规模。1934年国民政府修正公布的《大学组织法》，规定大学的教育方针为“研究高深学术，养成专门人才”。抗战爆发后，政府更是力倡“实用科学”，限制文科和理科的发展，在公费留学待遇上加以区别，引起教育界的非议和争论。

在科学技术、经济十分落后的中国，尤其在战争时期，培养大量专家以为实用，是十分现实而迫切的任务。然而，即便在当时，众多知识分子并没有丧失对教育、科学清醒的理性认识。朱自清认为“大学生多只拥挤在工学院和经济系里，这是目光短浅，只看在一时应用上。这是大学教育不健全的表现。”雷海宗批评当时的大学教育，为求“专精”、“研究”的美名而舍本求末，“一般的学生，因根基的太狭太薄，真正的精通既谈不到，广泛的博通又无从求得；结果各大学每年只单送出一批一批半生不熟的智识青年，既不能作深刻的专门研究，又不能正当地应付复杂的人生”。朱光潜撰文解释西方大学教育“Liberal Education”的理想，认为系一种“宽大自由的教育”，其目的“不仅在训练一技之长而尤在养成宏正通达之士；不仅在传授知识技能，而尤在陶冶品学才识具备之完人与培养健全之士风。此非谓大学生可不具备专门职业之知识与技能，但以此为未足。理想的大学生应退可为专才，进可为通才，以其所学施之于特殊职业，固可措置裕如；施之于领导社会，主持政教，亦可迎刃而解，所谓‘宽大自由教育’者其义如此”。从事高等工程教育的梅贻琦敏锐地意识到对于中国的工业化而言，需要的不仅是技术人才，而且是组织人才，所谓“工业建设的领袖”，其“重要性至少不在技术人才之下”。“真正的工业的组织人才，对于心理学、社会学、伦理学，以至于一切的人文科学、文化背景，都应该有充分的了解……严格的自然科学认识倒是比较次要”，而我们却仅仅注意了技术的训练和专家的养成。针对政府重实科轻文理科的政策、所谓“通专并重”的培养方针，梅贻琦认为是不可行的，认为在大学期间，“重心所寄，应在通而不在专”，因为“通识为本，而专识为末，社会所需要者，通才为大，而专家次之，以无通才为基础之专家临民，其结果不为新民，而为扰民”。这是真正的远见卓识。今天，我们看到了太多只是扰民的官员和专家。

当然，并不是所有人都赞同通才教育。桥梁专家、曾任北洋大学校长、交通大学唐山工程学院院长的茅以升，提出高等工程教育培养专才目标，引起非议。他认为中国的工程教育抄袭美国，“广泛不精”，偏重理论，教育与工程生产脱节。但是，细察他所提出的“专才”目标，却并不是片面单薄的专家，而近似通才的要求了。他提出“专才”的八个目标是：善于思想；善用文字；善于辞说；明于知之；明白环境；科学知识，知其所来，及运用方法；富于经济思想；品德纯洁，深具服务之精神。

和今天的情况相比，应当说那时的教授学者对于大学实行通才教育，有更多的共识。

中国高等教育的童年是丰富、烂漫和充满活力的，半个世纪前前辈的探索和思考是我们今天向新世纪出发的重要的精神资源。尽管随着时代的发展，大学所处的社会环境、文化背景已经发生了巨大的变化，但是，大学教育面临的一些基本问题仍然是相同的；甚至，中国在激烈的国际竞争中急于赶超的位势和心态也大致相似。实现教育现代化的目标，不仅需要前瞻，而且需要回顾，需要重温我们中断已久的晚近的传统，从历史中汲取经验和智慧，从而在新的世纪，重新弘扬作为一个教育古国的大学之道和文明之光。